Pháo đài Zamość, cũng như thị trấn Zamość, là đứa con tinh thần của Thủ tướng Jan Zamoyski, người vào nửa sau của thế kỷ 16 đã quyết định thành lập một thành phố mới, được đặt theo tên của mình.[3] Điều lệ nền tảng được ban hành vào ngày 3 tháng 4 năm 1580 và tên đầu tiên của thị trấn là Zamośćie bên dòng sông Wieprzec.

Cả công sự và thành phố đều được kiến trúc sư người Ý đến từ Padua, Bernardo Morando lên kế hoạch.[4] Ông quyết định tận dụng hai con sông địa phương — Topornica và Labunka, nơi mà nguồn nước được sử dụng để lấp đầy con hào.

Lâu đài đầu tiên được xây dựng vào năm 1579 và trong những năm tiếp theo, các tòa nhà bổ sung đã được thêm vào — Arsenal (1582), Cổng Lublin (1588), Cổng Lwów (1599) và Cổng Szczebrzeszyn, được hoàn thành vào năm 1603 bởi Blaise Gocman, mỗi cổng có một cầu rút. Toàn bộ khu phức hợp chưa hoàn thành cho đến năm 1620, bởi một kiến trúc sư người Ý khác, Andrea dell'Aqua,[3], người được Jan Wolff và Jan Jaroszowic giúp đỡ. Pháo đài được tạo hình như một vách ngăn, với bảy thành trì nhỏ, nằm cách nhau khoảng 200 mét, vì đây là tầm bắn của pháo binh từ thế kỷ 17. Pháo đài, với công trình bằng gạch ấn tượng, cao 12 m và dày 2,5 m, là một trong những thành trì hiện đại nhất [5] và lớn nhất của Khối thịnh vượng chung Ba Lan - Litva, cùng với Kamieniec Podolski.[6]

Năm 1683, kiến trúc sư Jan Michal Link bắt đầu hiện đại hóa pháo đài, cái mà còn tồn tại đến năm 1694. Tường được củng cố và hai pháo đài nhỏ hơn được thay thế bằng một pháo đài lớn. Sau những công trình này, pháo đài không được sửa chữa cho đến năm 1809, khi chính phủ của Công quốc Warsaw đầu tư mạnh vào một số thay đổi. Cổng mới được xây dựng, hai cổng cũ đã bị đóng gạch, pháo đài được mở rộng. Tuy nhiên, công trình chưa hoàn thành vì Pháp xâm chiếm Nga.

Những cải tiến hơn nữa được tiếp tục bởi chính phủ của Quốc hội Ba Lan, mà vào năm 1820, đã mua thành phố từ tài sản thừa kế Stanislaw Kostka Zamoyski. Tất cả các tòa nhà trong phạm vi 1200 mét từ các bức tường đã bị phá hủy, và trong bán kính 2400 mét, chỉ các cấu trúc bằng gỗ còn lại. Một ổ đại bắc đã được xây dựng. Các tòa nhà trong thị trấn đã được tu sửa để phục vụ quân đội. Chúng đã bị tước bỏ các đồ trang trí Baroque và được xây dựng lại theo phong cách tân cổ điển.